媽祖係於西元1661年隨船護祐鄭成功率舟師復台，於西元1668年建廟。
蘇同炳氏著臺灣古今談「最早的媽祖廟」一文稱：「臺灣各地建立最早的媽祖廟，當推澎湖的天后宮，其建立時間可以上溯到明神宗萬曆以前。原因是澎湖群島很早便有大量的中國漁民定居，而臺灣之移植，則要遲在半世紀以後。澎湖天后宮之外，臺灣本島的媽祖廟，又當以舊時位在安平的『開台天后宮』為最早。……鄭成功的船隊就從湄洲嶼媽祖廟中迎來軟身媽祖神……。」
本宮媽祖神像的來源，臺地所奉的媽祖，大半為「船仔媽」。本宮的媽祖神像，據上引「給還書」云：「開山王國姓公隨帶平臺有功」，應是鄭王隨帶的三尊媽祖神像，而非「船仔媽」。
【正殿】
民國五十年十月（西元1961年）間經地方父老集議諮商，決定重建卜地現址，即原水師衙門（現安平古堡前綠園南邊土地）於同月廿三日舉行動土典禮，直至民國五十五年（西元1966年）竣工落成，其間費時近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重興香火。民國七十九年祝融降臨，熊熊火勢止於正殿（三尊媽祖與其他神像皆安然無恙）安平士民嘖嘖稱奇，咸謂乃媽祖靈應保佑所致，面對災後重建，管理委員會隨即展開籌備措施，進行各項整建工程，民國八十一年（西元1992年）十一月完成正殿修護工作，重現雕樑畫樑之美，尤以木構藻井最具建築藝術...
...。
【鐘、鼓樓與兩廂（左、右殿）】
於民國六十二年（西元1973年）增建規模擴大。至民國六十四年(西1975年)三月，重建工程全部完竣，廟貌宏偉，金碧輝煌。次年三月，舉行落成祈安建醮大典，熱鬧非凡。（右殿為將軍殿八十三年間入祀兩位將軍九十三年間入祀文昌帝君）
【牌樓】
民國八十一年間增建。由於第七屆主任委員張省吾暨管理委員們的籌措與努力，天后宮所有重建工程於國八十三年(西元1994年)十一月全部完成並舉行甲戌年修建落成護國息災五朝祈安正五朝祈安建醮。
【六十甲子元辰殿（左殿）】
於民國八十六年(西元1997年)增設斗姥元君及六十位太歲星君供信徒膜拜，並提供安太歲消災、解厄等服務。
「開臺天上聖母」代表本宮的媽祖，為臺灣最早奉祀者。「湄洲進香」，即往媽祖本廟湄洲上香認祖，依例，凡由湄洲本廟分靈的媽祖，每年，或每三年，必須回本廟省親，本宮亦不例外。「回鑾」，指媽祖往湄洲謁祖返臺，信徒於北汕尾島迎接。此儀式，供奉保生大帝的臺南縣學甲慈濟宮每年赴白礁祖廟謁祖回鑾時亦有之。「繞境」，即繞安平各境，即本宮所直轄之地。「全臺平安」，即所庇佑者遍及臺灣，並非僅限於安平一處，也就是安平媽祖有義務保佑全臺的信徒。昔時執此旗者的資格必需三代俱存者；執仗的身著黑衫、草鞋、戴紅魯笠、背絲鬮（裏面備有豚腳節、串空餅），手執插松枝的頭旗為前導開路
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由頭題字觀之，文中有「……湄洲進香」等字，即表示安平媽祖並非「船仔媽」，而是來自湄洲。其往湄洲進香謁祖出發回鑾之時，信徒在北汕尾送迎之禮一事，是明鄭時，安平港淤淺，改由北汕尾島的鹿耳門溪口放洋出海，回臺時亦是，故迎送之禮在北汕尾行之。若事實上無法出海，則此北汕尾遙祭之。此與每年三月十一日，學甲鄉慈濟宮在海口設壇望西致祭進香上白礁，禮畢回駕繞境儀式相類似。其上湄洲的時間，依慣例於每年，或三年，必須前往謁祖，安平媽祖亦然。故蘇同炳氏﹁最早的媽祖廟﹂云：
「無論是臺南或北港的天后宮，事實上都是由資格最老的安平開台天后宮分靈出去的。所謂『分靈』，實際上祇是攜取舊廟的香灰，塑入新廟的神像，以表示媽祖神靈已經灌輸在新廟的神像中了。通過這種方式，不但可以興建無數個的媽祖廟，亦可使全臺灣的大小媽祖廟，都與安平的『開台天后宮』保持血緣關係；而安平開台天后宮的神像來自湄洲嶼，又無異間接說明了臺灣各地的媽祖廟，都是由湄洲媽祖廟所派生繁衍的。
安平天后宮的媽祖既來自湄洲，奉迎來臺時間，雖布兵旗上未載（據傳原之布兵旗，在光復前尚保存，然已污染。該旗之布面上充滿題文，有的墨瀋鮮明，有的字跡模糊。因其年深日久，腐蝕破爛，至光復後迎媽祖時，不堪使用，始廢棄重新之），然從客觀上可證明是隨鄭成功來臺者。
國姓爺鄭成功自南京兵敗之後，即時取台灣做為反清復明的根據地。攻台之時，為穩定三軍軍心，親赴湄洲恭迎三尊鎮殿媽祖寶像鎮舟。
永曆十六年農曆二月一日，荷人兵敗投降退出台灣。國姓爺以其故鄉之名改大員為安平鎮，並以熱蘭遮城為王城。
當時台灣正忙於屯兵開墾．無暇顧及建廟事宜，只好將隨軍來台之三尊媽祖替像暫時供奉於城中之荷蘭教堂內
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同年六月鄭王薨，世子鄭經繼位，在諮議參軍陳永華輔佐下，開發建設台灣，人民生活漸趨安定，遂於永曆二十二年(西元 1668年)，在安平鎮渡口建廟(即今石門國小內)，就地興建媽祖宮，稱為『安平天妃宮』。當時是以官廟地位受祀，為台灣本島最早、最大媽祖廟。此即安平開台天后宮的前身。
1668，由於天妃宮所奉祀之媽祖係隨船護佑鄭王舟師來台，故冠以 「開台」頭銜，且直接承襲湄洲媽祖香火，威靈顯赫、盛極一時。
直到永曆三十八年 (康熙二十二年) ，台灣入清版圖，清廷以天妃宮為鄭氏所建，刻意加以貶抑，除加封媽祖為天后，並以寧靖王府另建祀典大天后宮，藉以取代開臺天妃宮在台灣人民心中的信仰中心。
同治十三年，由於日本侵台事起。船政大臣沈葆楨奉旨巡視台灣，為使鄭氏遺民與皇親國民不分彼此團結一致，才上書使安平廟的地位正式恢復。
同時，安平鄭氏廟，也因此改稱「開台天后宮」。好景不常，光緒二十一年 （西元1895年），一紙馬關條約，將台灣割讓給日本，日軍登台的連串燒殺．使安平天后宮也難逃此一血劫。
有一班逃不了的清兵在媽祖宮內被圍，共五十六人慘遭屠殺，日軍將其潦草埋葬於廟後空地，因神聖廟堂為血腥所濺，又有冤魂出沒的傳說，於是香火冷落、廟宇自然荒廢了。
民國五十一年五月，安平開台天后宮管理委員會決定重建事宜，一直到民國五十五年竣工落成，期間費時將近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重享安平人間香火。
蘇同炳氏著名台灣古今談「最早的媽祖廟」一文稱：「台灣本島的媽祖廟又以舊時位在安平的「開台天后宮」為最早……鄭成功的船隊就從湄洲嶼媽祖廟中迎來的軟身媽祖神像…」
清代（光緒二十三年）日明治三十年七月十日安平六社鄉長，港仔尾社長王對等，聯呈向台南縣知事磯貝靜藏「請求安平天后給還書」云：「開山王國姓公隨帶平台有功
...」
查考清代纂修方志，康熙三十五年(西元1696年)高拱乾「臺灣府志」與康熙五十九年(西元1720年)陳文達「臺灣縣志」皆記載本宮原稱天妃宮，位於安平鎮渡口，卻無創建年代；但依清初志書纂修的筆法，凡屬明鄭時期創建的廟宇則稱「偽時建」或未書寫年代，至於康熙二十二年(西元1683年)清領臺灣以後創建的廟宇則稱「開闢時建」或直書年代，可推論本宮應係明鄭時期創建之古廟，故有開臺天后宮之稱。又據民國八年(西元1919年)日人所編「臺南祠廟名鑑」一書，記載本宮創建年代為康熙七年（即永曆二十二年，西元1668年），可為上述說法之佐證。
本宮歷史沿革，重建經過與安平漁民的信仰，皆有碑記以誌不朽，如「開臺天后宮重建緣由」、「開臺天后宮重建捐題碑記」、「重建安平開臺天后宮碑記」與「重建安平天后宮漁民立碑記」成為重要史料；亦有安平耆老林勇先生所著「安平開臺天后宮誌」，撰述詳實、內容豐富，足供參考。
媽祖因助鄭軍平台有功，倍受鄭軍官兵及安平民眾的尊崇，並於明永曆二十二年(西元1668年)在安平鎮渡口建廟(即今石門國小內)，稱為「安平天妃宮」。當時是以官廟地位受祀，香火鼎盛。
但在清兵入台以後，將安平天妃宮，視為偽廟，而將寧靖王府改建為天妃宮，且列入祀典，當時全台只有赤嵌稱天后宮（含大天后宮），安平天妃宮的地位因此一落千丈，聲勢日蹙，其間在政治上備受清廷貶抑，直到清光緒年間在船政大臣沈葆楨的奏薦下，獲清帝御領「與天同功」匾(西元1875年)，其地位得以大天后並列。
護軍媽祖除了顯靈護佑鄭成功得以攻克台灣以外，尚有多項神跡，廣為地方人士所流傳。鄭成功恭請三尊媽祖護軍攻取台灣之後，本應將媽祖送回湄洲祖廟，但鄭成功到台灣只經過了一年三個月就因病去世了，送回媽祖一事就被耽擱了下來。
此後明鄭與清廷一直對峙至康熙22年(西元1683年)，鄭克塽降清，台灣重
入清廷版圖，湄州祖廟趁機派人前來索取媽祖神像，但為安平地方人士所拒，雙方為此發生爭議，當時湄州祖廟派人送來三尊相同的媽祖神像，要換回鄭成功請來的三尊正身媽祖，安平人為保有正身媽祖，故意出題刁難來人，要以磁碗作筊，並卜百筊以定神意，來人不查當即答應，而發生了一段頗富趣味性的神奇故事
...。
雙方達成協議後，湄洲祖廟代表即依約擲筊，結果來人竟連得百筊，安平人見狀乃諉稱前約只限大媽，眼睜睜的看著大媽被請下座，來人在無可奈何之下，繼續再擲筊請示二媽的去留旨意，結果亦連得百筊，直到請示三媽時，出現了奇蹟，來人在連得九十九筊之後，最後的一筊竟由地上直飛而起，插在中樑的正中央懸而不下。
擲筊事後，湄洲祖廟代表見安平信徒虔奉媽祖至誠，乃稍作讓步同意將三媽正身留在安平廟奉祀。於是大媽、二媽歸宗，湄洲另塑大媽、二媽金身，奉祀在安平廟，事情遂告解決。
日據時代，日本人在安平建有卡斯特株式會社(蓖麻)，日本南化學、製鹽會社、日本海軍造船廠等軍需及經濟性工廠，並駐有八十四(曉月)部隊，經美軍多次空襲卻未曾中過一彈，炸彈大多擲落於鹽水溪北側之外海，日人傳聞曾見一古代人(指媽祖)在空中用裙擺將炸彈撥彈入外海，而當時媽祖神像亦有出汗現象，見者莫不嘖嘖稱奇。
民國七十九年三月二十九日，安平開臺天后宮橫遭祝融降臨，但是熊熊烈火卻止於正殿，三尊媽祖神像與其他神像竟然安然無恙，安平市民嘖嘖稱奇，咸稱媽祖靈驗保佑所致。
光緒二十一年，清廷將台灣割讓給日本，日據時期日軍在安平天后宮廟堂內大肆屠殺黑旗軍，血染廟堂，宮廟因此而廢墜，原祀奉於廟內之神像，被迫分祀於安平六角頭之廟宇，大媽與配祀撐扇宮娥祀於海頭社廣濟宮；二媽與千里眼順風耳寄祀於十二宮社之三靈殿，後因廟宇狹窄，移於港仔尾社靈濟殿；三媽初為王城西北帝龍殿得閹，後祀於囝仔宮社妙壽宮。
直至民國五十一年五月份，安平地方人士始重組管理委員會重建安平開台天后宮，由前市長辛文炳主持動土典禮，建成之日立燈篙建醮並舉行繞境祈福遊行，前來熱鬧的各廟宇神輿、旗隊及參觀的民眾將安平大小街道擠得水泄不通，安平六角頭之居民亦都設宴款待各地親友，為地方百年難得一見的盛況。
康熙廿三年施琅將寧靖王之─元子亭園，改修為「大天后宮」，即今台南市大天后宮。相傳當時並乞求安平開台媽祖的香灰，以塑鎮殿媽祖全身。爾後，鹿耳門、南港、北港各地之媽祖也都乞求安平媽祖宮的香灰雕塑全身，故安平媽祖宮每次建醮祈安，各地的媽祖神像也令前來鑑醮，例年安平迎媽祖，各地的媽祖宮也會前來聚會，所以安平媽祖宮標榜為開台媽祖宮。
2011辛卯年安平開台天后宮所主辦的「鄭成功迎奉媽祖來台３５０週年文化祭」活動，於九月五日(農曆八月八日)成立媽祖學院揭牌啟用展開序幕，隨後於九月三十日起展開各項活動。安平開台天后宮總幹事陳宏明表示，主辦該次活動是希望回溯歷史、正本清源，並建立完整的媽祖信仰學，將﹁安平迎媽祖﹂祭典，成為常態性的文化觀光活動。
九月五日上午由市長賴清德及媽祖學院院長即天后宮主委張省吾等多位貴賓共同揭牌啟用。該廟陳宏明總幹事表示，原收藏於安平開台天后宮香客大樓的媽祖珍貴文物，特別將香客大樓的空間重新規畫，增加展示說明與圖片資料，創立全球第一所「媽祖學院」，內容包括有「媽祖服飾文物」、「歷史碑文」、「媽祖事蹟與傳說」、「媽祖金身說明」。
安平開台天后宮的前沿，即清代「福建通志」、臺灣知府蔣毓英「臺灣府志」、陳文達「臺灣縣志」，所載的天妃宮。媽祖因助鄭成功帶軍平臺有功，備受官兵及安平百姓尊崇，於明鄭時期（西元 1668）建廟。民國八年（西元1919年）日人相良吉哉所編「臺南州祠廟名鑑」記載可資佐證。廟址在鳳山縣安平鎮渡口，今石門國小校內（本遺址），占地有三、四百坪。當時是以宮廟地位受祀，香火鼎盛，距今日已閱三百多年，在臺灣為歷史最久的大座媽祖廟。光緒二十一年台灣割日時，慘遭世變，血染廟堂，以至廢墮，神像被迫分祀安平六角頭。直至民國五十一年五月份（西元1962年），重建開臺天后宮，奉請分祀之三尊媽祖入廟安座，重享安平人間香火。廟宇建醮熱鬧慶祝並繞境祈福，民眾湧現爭相參觀，為安平百年難得一見之盛事。安平開台天后宮，現址位於國勝路三十三號，安平古堡前綠園南邊土地。 台南市政府 謹識 中華民國一○○年三月
2011年透過台南市政府與日本媽祖文化交流協會陳東華會長居中聯繫，本宮與市府訪問團於七月十四日下午造訪長崎市「東明山興福寺」，基於共同媽祖信仰文化，且兩廟同屬創建年代最早最悠久之廟宇，在日本媽祖文化交流協會會長陳東華與台南市長賴清德見證下締結金蘭，可說是跨國際廟宇締盟的盛事，儀式隆重。本宮代表陳宏明總幹事更與長崎市「東明山興福寺」松尾法道住持，相約今年十月份來訪「安平開台天后宮」，並參與本宮舉辦「鄭成功迎奉媽祖來台350週年文化祭」，間接促成雙方宗教觀光交流的契機
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17世紀往來於臺灣安平，日本長崎及中國沿海的船隻都信奉媽祖，而早期長崎港口就建有媽祖廟。西元1632年明末創立的「東明山興福寺」，至今已有400多年歷史，為長崎縣定文化財相當受到重視，本宮「安平開臺天后宮」媽祖亦係西元1661年隨船護佑鄭成功率舟師復台，並於西元1668年建廟，也具有350年歷史。此次締盟期待媽祖文化能在雙方交流下，更發揚光大。
興福寺媽姐堂（まそどう）（海天司命堂）
県指定有形文化財 （昭和三十七年三月廿八指定）
媽姐（まそ）は、「天妃」「天后聖母」「菩薩」などの呼び名がある。航海の守護神で、華南地方で深く信仰された。長崎へ来航する唐船には必ず「媽祖」が祀られ、在泊中は、船から揚げて各由縁の唐寺の媽祖堂に安置した。これを「菩薩揚げ」といい、賑やかに隊列を組んで納めたという。
興福寺は、寛文3年（1663）の市中大火で境内の建物はことごとく焼失した。媽祖堂再建の年代は諸説あるが、堂内正面に寛文十年（1670）の扁額「海天司福主」が現存することから、大火後7年目の寛文10年頃には媽祖堂は整備されたものと考えられている。
中央に、本尊・天后聖母船神(媽祖神)、脇立は赤鬼青鬼と呼ばれる千里眼と順風耳。崇福寺と異なり媽祖門がない。建築様式は和風を基調とし内外総朱丹塗、黄檗天井の前廊、半扉、内部化粧屋根裏風天井など黄檗様式を加味し、また軒支輪のある建物は珍しく、貴重な建築資料である。内部の左右側壁には棚が設置され、在泊船の媽姐像を安置する菩薩棚がある。
興福寺媽祖堂
安平台灣尋根之旅
原居住於安平地區的平埔族部落稱為台窩灣族「Taywan」，初到安平的漢人向原住民詢問地名時，原住民答稱「Taywan」，漢人將之音譯為台窩灣、台員或大員，後來因語音相似逐漸演變成台灣。安平就被稱為台灣嶼，荷蘭人亦稱安平為「台窩灣」
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後來台灣逐漸成為整個台灣島的總稱。福建沿海居民到台灣來大都由安平登陸，當家鄉的人問起：「要到何處去」，大都回答說：「去台灣」，台灣漸漸成為台南的代稱，一六八四年清廷，將台灣納入版圖，康熙皇帝將台灣定名為「台灣府」設府於台南市。由此可見台灣這個名詞是由安平的原住民部落音譯而來的，而安平也是最先和漢民族有接觸的地方。明清時期的安平是中西文物交萃的軸心，也是一個經貿重地，漢人和洋人貿易往來都在此地進行，所以至今安平才會留有多處的洋行，就是一個最好的證明。清代時安平也是一個軍事樞要之地，有眾多軍營及軍裝局、海關、領事館、醫院…等皆設置於此。
明永曆十五年，鄭成功率領明朝遺族，繼續與清朝對抗，也是由安平登陸，並在熱蘭遮城（今安平古堡）設府置縣，並確立台灣的行政制度。鄭成功在此培蓄發揚革命精神，扶殖中華民族之基地。
明史記載：「明天啟四年紅毛番泊舟於此，因事耕種，設闤闤稱台灣。」所謂設闤闤稱台灣，即指台灣街，台灣街在當時號稱東方唯一的貿易港，荷人施博爾博士稱曰：「台灣街在荷蘭時是稱數一數二的開港，貿易繁盛，而歐亞人種五花十色共處其間，市肆鱗次櫛比，街道清潔不染一塵，人口號稱數萬。」
安平開台天后宮在歷史淵源下,對推廣媽祖信仰文化始終不遺餘力,為了彰顯媽祖護佑 台灣的慈悲關懷，濟世救人的精神，建構媽祖信仰文化與學術研究平台，特地成立「媽祖學院」。 媽祖學院，有三大宗旨： （一） 推廣媽祖護民恩澤，推動心靈改造，揚善避惡，淨化人心。 （二） 收集媽祖事蹟，建立祭典儀式化，擴大媽祖信仰的文化影響。 （三） 建構華人世界媽祖文化學術平台，有系列地探索媽祖對常民文化的影響，建立完整的媽祖信仰學、媽祖文化學、媽祖社會學等。 媽祖學院弘揚媽祖慈悲為懷。
