一、親和招財的福德正神 三靈殿的建廟起源，相當符合地方產業與聚落特色，三靈殿委員蔡文漢先生表示，十二宮社鄰近鹽水溪流域，漁獲資源相當豐富，在鹽水溪工作的附近居民，就在提防邊，簡單搭建了可供休息的草寮。可以遮風避雨的草寮，很自然的就形成了喝茶、談天、商業買賣的群聚集場合。基於「有拜有保庇」及對生命安全的期望，也開始了神明崇祀。 有親和力又能招財的福德正神，往往是地區神明崇祀的第一選項，所以奠定三靈殿的福德正神的信奉的基礎。 其間鹽水溪多次潰堤， 原本位於堤防邊的土地公廟因大水一再往內遷移，今天看到的廟貌，是民國100年重建竣工入火安座。耆老們無不笑稱，三靈殿是安平唯二的搬家廟宇，而且搬家次數還是安平最高！(另一個搬家的廟宇為開台天后宮，詳見天后宮網站﹕天妃漂流記) 圖片注釋﹕地方耆老蔡文漢推測，是當時早期土地公廟面向東方，而東方為四方位之首，所以三靈殿的福德正神神像，應是安平廟宇的中體積最大的土地公神尊。 ...。

二、拆廟搬家的關聖帝君 清領時期，三靈殿前大片空地是安平關帝廟的空間，關帝廟是官祀之廟，建立於西元1694年，原地址約在中興街8號。三靈殿總幹事表示，據傳關聖帝君相當靈驗，一直被清代的地方統領視為專屬專用，並不希望太多一般平民百姓進入祭拜，所以關帝廟雖然貴為清代官廟，但是留下的相關記錄卻非常少。後來安平關帝廟(拆遷年代待考證)拆廟，所以關聖帝君神尊也移駕到三靈殿來囉！

三、神威赫赫的馬府大帝 馬府大帝原為馬府千歲，「千歲」是對王爺信仰的敬稱，民間傳說王爺們「代天巡狩」，維持三方五界規範秩序，「天」為「天子」，民間稱為「萬歲」，王爺們代理「天子」行使職權，當然不能有所僭越，所以稱為「千歲」。 馬府大帝本來是馬府千歲，在巡行過程中，決定於十二宮三靈殿安座。安平廟宇普遍認為﹕神界也如同人間一般，有職務調動、代理與升遷制度。三靈殿的馬府千歲巳經晉升為馬府大帝，且輪流代理掌管「東嶽大帝」職權。眾所週知，東嶽大帝主掌陰間事務，所以跨界申冤，裁判公理、鬼神作崇、除病災……..等，廟方耆老至今還一直津津樂道著馬府大帝的神威，特地整理數篇如下﹕(按發生年代排列) (一)金門除病災﹕講述人﹕總幹事 　　清道光年間，金門地區爆發了俗稱「黑朱」的傳染疫病，患上「黑朱」的病者，皮膚上會出現如同蜘蛛的黑色皮疹，疫情爆發，一直無法控制，百姓受苦不己！據聞馬府大帝出身於金門的廟宇，廟內持奉的媽祖也來自金門，兩位神明基於救助同鄉情份，在馬府大帝的雷厲風行，及媽祖的慈悲加持，聯手去除「黑朱」之災。　　　 而位於一水之隔的台灣的三靈殿廟方大老們，則是在金門地方人士特地前來三靈殿，感念馬府大帝與媽祖去除「黑朱」疫病事蹟，並致贈了石製香爐，才知曉兩位同鄉神明聯手驅病的玄奇事件。 現今這個石製香爐置放廟中，在多彩的廟宇裝修及搶眼的神尊包圍下，刻有年代及捐贈落款外型古樸的香爐，雖然不搶眼，但卻替兩位神明聯手消彌金門「黑朱」病災的威能，做了最有力的年代見證！ （二）破草人咒 「草人咒」應該是民間最常被提到的妖法邪術了！不管是時下流行的宮鬥劇、傳統戲曲，甚至卡通、漫畫中都可以看到相關的草人咒術。雖然稻草材料取得容易，可是施咒後的厲害程度，遠遠高於看起來似乎很平凡的外表。 據說被施法的人，多半感覺身體忽冷忽熱，精神不濟，像個憂鬱的失魂者一般，在四處求助無門的情況下，經信徒介紹，向馬府大帝求助。馬府大帝再次讓眾人見識了他的雷厲風行，立即指點乩童引路，在眾人驚訝的目光中，竟然在安平路112巷附近的空地，挖出了深埋的施咒草人！所以現今還有些在地長輩們，還能眾口一致的指出位於挖出施咒草人的確切地址 ！可見事情的真實性！ (二)亂墳崗除祟﹕講述人﹕趙祝來 當時的亂墳崗位於今民權路四段(近西賢里活動中心附近，南興萬應公祠)，當時的民權路不似今日的開闊繁華。對當時的居民來說，那是個荒墳集聚的地方，不知道是否因為「群聚磁場」的關係，這片區域的鬼靈作祟程度不僅頻繁，還特別凶猛，路經此地的居民常常受到很大的驚嚇，寧可遶遠路，甚至互相警告，除非必要，絕不輕易靠近。 早有當地的居民請了多方神靈，用各種辦法來制服群聚於此的猛鬼群。可是這群鬼靈似乎特別難纏！不堪其擾的居民因緣際會的找到了馬府大帝，盤據已久的猛鬼在馬府大帝的神力下，對有冤者招撫、冥頑不靈者強行捉拿，讓眾人避之不及的惡地，在非常短的時間，恢復了平靜。 (三) 陰間對質﹕ 下地府陰間對質的奇聞，則是有一信眾因蒙受不白之冤，而當時與其有口頭約定的對頭人，因己經過世，而無法證明自己的清白，在百口莫辨的情況下，找到了馬府大帝。馬府聞訊，立刻帶者信徒下地府找到對頭人，來場陰間大對質，讓沈冤得雪，還以清白！ （四）施懲醉漢乩童﹕講述人﹕三靈殿總幹事 據聞當時馬府大帝的羅姓乩童應邀去西港參加宴席，席間飲酒過量，不僅醉態百出還胡言亂語。事後眾人發現，羅姓乩童的頭頸竟然硬生生的卡在廟內供桌，不到二十公分的桌下縫隙中，完全無法動彈！ 後來經由一番折騰，才知道羅姓乩童的慘況，是馬府大帝所為！原來羅姓乩童不僅醉後失態，還無意中洩露不少僅有神尊與乩童間才知悉的天機，馬府大帝一怒之下，決定施行懲戒。眾所週知，醉酒後常因情緒與身體反應，不是爛醉如泥，就是力大無比，且事發當時，羅姓乩童正值三十、四十的壯年，要將一個醉酒鬧事的成年男子拖到桌下，毫無反抗的將頭頸「嵌」入不到二十公分的縫隙中，根本就是「不可能的任務」！事後還是在乩童父母苦苦哀求下，馬府大帝才原諒了這位醉後大說胡話的乩童！ 這個這些充滿靈異色彩的鄉野奇聞，在當時幾乎傳遍了安平，很多非十二宮社的安平在地人，都表示聽過這些奇事。天后宮監委黃鏡月表示自己當年約15、6歲，對「馬府大帝懲乩童」也頗有印象！ 至於也算是故事主角的「卡卡」供桌，現今存放廟方側殿，不但保存良好，一直於廟會祭典使用中，完好無損的見證著馬府大帝懲乩童的神蹟！ 馬府作風果決，正直不阿，在辦事征討過程中，可謂剷奸除惡，大快人心！所以在娛樂項目不多的年代，在地居民常常在廟前聚集，見證馬府大帝威能！除了金門的「黑朱」事件外，其它的奇異軼事件，多發生於50-55年前。那時的安平似乎是個群魔亂舞，神功彪炳，人與神明零距離的奇妙年代呢！ 圖片注釋﹕很難想像只有不到20公分的桌下縫隙 ，如何能塞入一個成年男子的頭圍，實在頗為耐人尋味！